映画化10周年記念作品！待望の話題作がDVD化！新たなる冒険の旅に出たサトシ＆ピカチュウ、そしてヒカリたち一行は、可憐な女性・アリスと出会い、アラモスタウンへと向かう。その町のシンボルとされる“時空の塔”でポケモンコンテストが開催されるのだ。アラモスタウンには近頃、人々やポケモンたちに悪夢を見させる正体不明のポケモンが出現していた。町の名士・アルベルト男爵は、そのポケモンを捕獲するため、討伐部隊を編成する。そしてついに幻のポケモン・ダークライが姿を現した…！一方その頃、アリスの幼なじみの科学者・トニオ．．．